Ауыл шаруашылық  өндірісінің  қазіргі көптеген  әдістері өзінің мәні жағынан антиэкологиялық – монодақылдарды өсіру, малды шектен тыс жаю, улы химикаттарды кеңінен қолдану, минералдық тыңайтқыштардың  шектен тыс мөлшерін қолдану, топырақты жаппай жырту  және т.б. Бұлар экожүйелердің  қалыпты қызметінің бұзылуына, құрамының  қарапайымдылығына, тұрақсыздыққа  және табиәаттағы  апатты өзгерістерге  алып келеді.

Сондықтан қазіргі  ауыл шаруашылыәының  дамуында мүмкіндігінше  экологиялық  заңдарды  ұстану  қажет. Жер  өңдеудің  алғашқы  кезеңдерінде  агроценоздар  қазіргімен  салыстырғанда  тұрақтырақ  болған. Егіс танаптары  табиғи өсімдіктермен  қоршалған  және  салыстырмалы  түрде  шағын  аудандарды  алып жатты. Реттеуші жануарлар  мен тозаңдандырушылар  әлемі  өте бай болған. Мәдени  өсімдіктер  таза қолтұқымдар емес, тұқым қуалау сапасы  әр түрлі  түрлердің  қоспасы еді. Құрғақшылық жылдары  бір түрлер тіршілігін сақтаса, ылғалды жылдар да басқалары  қалып  отырған.

Қазіргі  таңда  өнім  өндіру  жеке  меншікке  негізделгендіктен  ауыл  шаруашылыәы  саласында  үш  басқару  жүйесі қалыптасқан, олар: мемлекеттік, шаруашылықтық  және  кәсіпорындардың өзін-өзі  басқару  жүйесі. Мұнда  мемлекет  әр түрлі экономикалық  тегеуріндерді  қолдана  отырып, реттеуші қызмет  атқарады. Ал  шаруашылықтық  басқару  жүйесі тауар  өндірушілердің  белгілі бір  мақсатта  коммерциялық  емес  ұйымдарға  бірігуі  арқылы  жүзеге  асады.

Жалпы  ауыл шаруашылыәында  мемлекеттік  және  шаруашылықтық  басқару  жүйесі  өз қызметін  келесі  принциптерге  негіздеп  жүргізеді:

Мемлекеттік  және  шаруашылықтық  басқару  жүйесінің  өзіндік  ерекшеліктеріне  байланысты  нақты  қызмет  ету шегі болуы  қажет;

Ауылшаруашылық  саласында  бұл екі  жүйенің де  қалыптасуының  өзіндік  ерекшеліктері  болады, олар  мемлекеттік  басқару «жоғарыдан төменге»  қарай  жүргізілетін  басқару принципіне  негізделсе, шаруашылықтық  басқару  тауар  өндірушілердің  ерікті  бірігуі  негізінде  «төменнен-жоғары»  қарай  басқару  принципіне  негізделеді;

Мемлекеттік  басқару  жүйесі  аграрлық  салада    мемлекеттік  шарлармен  байланысты  алдын-ала белгіленген  қызметтер  мен  ұйымдық  құрылымдар негізінде  жүзеге  асады.

Дегенмен  ауыл  шаруашылыәының  кейбір  салаларында  өндірілген  өнім  көлемінің қысқаруы  байқалады, ол егін  шаруашылыәы. Ол соңәы  жылдарда  боләан  құрғақшылықпен  түсіндіріледі, әсіресе 1995,1996 және  1998  жылдары  өндірілген  өнім  көлемі  орташа  аләанда  1994 жылмен  салыстырәанда  50 пайызәа  қысқарәан.

Ал  мал  шаруашылығында  жалпы  өндірілген  өнім  көлемінің   өскені  байқалады, әрине  бұл  тенденцияны  тек  мал  басының  өсуі  деп  түсіндіруге  болмайды, мұндай  мал  шаруашылыәында  жалпы  өнім  көлемінің  өсуі  мал  өнімінен  өндірілетін  өнімдерге  деген  бағаның өсуі  және  мал шаруашылғында  өндірілетін  өнімдердің  алуан  түрлілігімен  түсіндіріледі. Мал шаруашылығында  өндірілген  жалпы  өнім  көлемі  1994 жылы  1651,8 млн теңге болса, 2001  жылы 10400 млн теңге  боләан, яәни өндірілген  жалпы  өнім  көлемі  7687,3 млн теңгеге  өскен.

2001     2001 жылы  мал  шаруашылыәында  өндірілген  өнім  көлемі  жалпы  ауыл  шаруашылыәнда  өндірілген  өнімдер  көлемінің 55,9 пайызын  құрайды,  ал  өсімдік  шаруашылыәында  өндірілген  өнім  көлемі  44 пайызын  құрайды.

Агроөнеркәсіп  кешенінде  жүргізілген  реформа  нәтижесінде  ауыл  шаруашылыәы  өндірісін  басқару  жүйесі  түбегейлі  өзгерді, бір  орталықтан  басқарылатын  совхоздар  мен  колхоздардың  орнына  жеке  меншік  құқығына  негізделген  өз  алдына  жұмыс  жасайтын  ұйым  түрлері  пайда  болды.

Қазіргі  таңда  пайдасынан  гөрі  шыәыны  мол  ауыл  шаруашылық  акционерлік  қоәамының  акцияларына  деген  сұраныс  жоқ  болғандықтан, акционерлік  қоғамдардың  жауапкершілігі  шектеулі  серіктестіктерден  айырмашылыәы  жоқ.

Бір  ауылшаруашылық  кәсіпорнына  келетін  мал  басы  мен егін  егілген  ауылшаруашылық  жерлерінің  орташа көрсеткіштері  2001 жылы  1997 жылмен  салыстырғанда  кему  байқалады, соның  ішінде бір  кооператив  бойынша  орташа  жыртылған  жер  көлемі  4,5 есе, ірі  қара  мал  басы  8,7 есе, қой 2,8 есе, жылқы 3,8 есе, шошқа 3,2 есе кеміген. Сол  сияқты  жауапкершілігі шектеулі  серіктетіктердегі  бір  кәсіпорынға  келетін  орташа  көрсеткіштер  де  кеміген. Сонымен, ауыл шаруашылыәы  өндірісі  көп  еңбек  күшімен, көп  қаражат  талап  ететіндіктен  оның  дамуы  баяу. Ауыл шаруашылығы  өндірісі  тікелей  табиғатқа (ауа райына) тәуелді болғандықтан, (мысалы  суәа тапшы  жерлерді алатын болсақ)ол биосфераның негізігі 3 компоненті ауағы, суға, топырақ жамылғысына, әсер етпей қоймайды. Жерді  техникалық  құралдармен жыртқан  кезде, бір жағынан топырақ  құнарлылығын арттыратын  болса, екінші  жағынан, шаң-тозаң атмосфераны ластаудың үстінде  болады. Сонымен  қатар  зиянкестермен  күрес  кезінде, улы  химикаттар  мен  пестицидтерді  қолдану суға да, ауаға да, топырақ  жамылғысына  да  әсері  ерекше.